Les tests de PCR (RT-PCR plus précisément) permettent de détecter l’ARN viral, en amplifiant des séquences génétiques spécifiques du virus à partir d’un prélèvement de sécrétions des voies respiratoires, au niveau nasopharyngé. Théoriquement, le résultat est obtenu en 24h.
Parmi les nombreux tests commercialisés en France, ceux validés par le Centre national de référence (CNR) sont extrêmement spécifiques (99 %) ; leur sensibilité est aussi très bonne, autour de 80 % (avec donc environ 20 % de faux négatifs). Une certaine variabilité est toutefois liée à la nature du prélèvement et à la façon dont il est fait.
Cette grande sensibilité est aussi leur limite dans certaines situations : la PCR peut mettre en évidence des faibles quantités de matériel viral chez des personnes qui n’ont plus de symptômes (considérées donc comme guéries) mais qui ont encore dans leurs sécrétions des « restes de virus » (et non des particules infectieuses) ; ou alors elle peut détecter de très petites quantités de virus, mais qui ne sont pas suffisantes pour infecter une autre personne. Ainsi, 20, 30 voire 45 jours après le début des symptômes, on peut encore être positif à la PCR sans pour autant être contagieux !
Grâce à ces excellentes performances, les tests de PCR sur prélèvement nasopharyngé demeurent donc la référence dans le dépistage et le diagnostic de la Covid, à la fois chez les patients symptomatiques et asymptomatiques. Actuellement, en soins de premiers recours, ils sont à proposer en priorité : aux patients qui ont des symptômes de la Covid-19 (à répéter dans les 7 jours en cas de négativité du test et persistance de symptômes très évocateurs) ; aux sujets « contacts », sans symptômes, entre le 3e et le 10e jour après exposition rapprochée avec une personne dont l’infection est confirmée.
Les tests salivaires (RT-PCR sur prélèvement de salive, par crachat simple, bronchique ou par pipetage) sont plus rapides à effectuer et moins invasifs. Toutefois, les PCR réalisées à partir de ces prélèvements ont une sensibilité moindre (85 %) que celle sur prélèvement nasopharyngé, et une spécificité d’environ 90 %. D’après la HAS, un test salivaire peut être une alternative en cas de prélèvement nasopharyngé difficile ou impossible à réaliser, notamment chez les jeunes enfants, les patients très âgés, ceux ayant des troubles psychiatriques, les personnes avec une déviation nasale. Ils sont autorisés depuis début février aussi bien chez les patients symptomatiques qu'asymptomatiques (voir aussi les modalités définies par les recommandations de la Société française de microbiologie).
Un autre type de test rapide sur prélèvement salivaire (RT-LAMP) a été autorisé chez les patients symptomatiques (avis HAS du 28 novembre) : sa sensibilité chez ces patients est de 84 % et ses résultats peuvent être rendus en 40 minutes. Sa spécificité est moins bonne, mais l'obligation de réaliser un test de contrôle par un test RT-PCR en cas de test positif a toutefois été levée par la HAS.
Chez les personnes asymptomatiques pour lesquelles le prélèvement nasopharyngé se révèle difficile ou contre-indiqué, le prélèvement oropharyngé (écouvillon introduit au fond de la gorge par voie orale) aurait aussi des performances acceptables. Le déclenchement possible du réflexe nauséeux doit toutefois être pris en considération par les professionnels de santé réalisant l’acte.
Les tests antigéniques rapides et d’orientation diagnostique (TROD) visent à détecter une protéine virale à l’aide d’un réactif, à partir d’un prélèvement nasopharyngé. Ils sont réalisables en dehors des seuls laboratoires d’analyses et les résultats sont obtenus plus rapidement, en moins de 30 minutes.
Selon l’étude menée par l’APHP, leur sensibilité globale est faible, en moyenne de 55-62 % par rapport à la PCR. Le risque de résultats faux négatifs est donc élevé. La HAS s’est prononcée en faveur de leur remboursement à condition d’une performance diagnostique minimale pour le SARS-CoV-2 : sensibilité de 80 % et spécificité de 99 %.
Depuis début octobre, leur utilisation est autorisée chez les patients symptomatiques, dès lors que le résultat du test RT-PCR ne peut être obtenu dans un délai de 48h, à condition de pratiquer le test antigénique dans les 4 premiers jours après l’apparition des symptômes (chez les patients à risque de forme grave de la maladie, il faut toutefois faire une RT-PCR en cas de résultat négatif) ; au sein d’opérations de dépistage à large échelle ciblant des populations qui vivent, étudient ou travaillent dans des lieux confinés favorisant la transmission du virus à un grand nombre de personnes (universités, abattoirs,...), l’objectif étant de débusquer les clusters. La HAS a récemment étendu leur indication aux cas contact, détectés isolément ou au sein d’un cluster (avis du 28 novembre), avec les mêmes délais de réalisation que pour les RT-PCR, à savoir le plus tôt possible et à répéter à 7 jours pour les personnes contacts à haut risque (au sein du même foyer qu’un patient contaminé) ; à 7 jours après exposition pour les autres personnes contact (faible risque). En revanche, leur utilisation n’est toujours pas recommandée pour le dépistage de personnes asymptomatiques isolées, faute de données.
Les tests sérologiques de type Elisa mettent en évidence des anticorps dirigés contre le SARS-CoV-2 à partir d’un prélèvement sanguin veineux. Ils sont effectués en laboratoire de biologie médicale, et leur résultat est obtenu en quelques heures. En général, les anticorps ne sont pas détectables avant 7 à 10 jours d’infection. Leur variabilité est importante, même si les tests commercialisés en France doivent avoir une spécificité de 99 % et une sensibilité d’au moins 80 %. Ils ne sont pas des tests de dépistage à proprement parler, ils n’ont qu’un intérêt rétrospectif : ils témoignent d’une infection récente ou ancienne par le SARS-CoV-2. Selon Sylvie van der Werf (conférence de presse de l’Institut Pasteur du 8 octobre), « ils peuvent également apporter une aide au diagnostic chez des personnes prises en charge tardivement, plus de 7 jours après le début des symptômes, qui ont des quantités de virus faibles mais une aggravation clinique due à la réaction immunitaire ».
Des tests sérologiques de type TROD (effectués à partir d’un prélèvement de sang capillaire) ont été développés, mais ils ont des performances médiocres. Très peu évalués, ils ne sont pas disponibles en routine.
Enfin des test RT-PCR multiplex, recherchant également le virus respiratoire syncytial (VRS), les virus grippaux ou le rotavirus, sont en cours d’évaluation. Ils peuvent être très utiles dans les mois à venir, lors des épidémies hivernales. Leur coût sera-t-il raisonnable ?
Cinzia Nobile, La Revue du Praticien
