Le mycobiote impliqué dans les cancers gastro-intestinaux ?

L’association des cancers humains avec le microbiote bactérien a fait l’objet de nombreuses publications. Cependant, le rôle des champignons du microbiote (appelés « mycobiote ») demeurait mal décrit. Deux publications parues fin septembre dans Cell, une américaine et l’autre israélienne, dévoilent l’ampleur du mariage entre cancers humains et champignons.Dans l’étude israélienne, plus de 17 000 échantillons de tissus tumoraux issus de 35 types de cancers ont été analysés dans quatre cohortes indépendantes de patients cancéreux. Dans la cohorte TCGA, parmi 15 512 échantillons, 97 % contenaient de l’ADN fongique. Même si les bactéries prédominaient en nombre (96 % de bactéries versus 4 % de champignons), les champignons présents constituaient une signature du type de cancer. Ainsi, dans la cohorte WIS (1 183 échantillons tumoraux), le ratio de champignons ascomycètes/ basidiomycètes était particulièrement élevé (8,8) dans le cancer du côlon, et faible dans le mélanome (0,86). Les chercheurs ont aussi déterminé l’existence de trois « mycotypes » (c’est-à-dire d’un ensemble de souches de champignons caractéristiques de certains cancers) associés au type de réponse immunitaire tumorale. Enfin, certaines espèces de champignons étaient enrichies significativement dans le mycobiote de patients ayant un mélanome métastatique non-répondant au traitement.L’étude américaine va dans le même sens. Les auteurs décrivent une sur-représentation des champignons du genre Candida dans les cancers gastro-intestinaux ; de plus, les tumeurs du côlon riches en Candida avaient plus tendance à métastaser. La probabilité de survie était diminuée chez les patients ayant une forte abondance de Candida dans leur mycobiote tumoral gastro-intestinal. Malgré l’absence de causalité prouvée entre mycobiote et cancer, ces corrélations pourraient faciliter le diagnostic de différentes tumeurs à un stade précoce, fournir des « biomarqueurs » prédictifs ou pronostiques, voire déboucher sur de nouvelles thérapeutiques.