Quelles sont les caractéristiques de ces variants ?
Les variants les plus préoccupants actuellement – le variant « anglais » ou 501Y.V1 (UK – lignage B.1.1.7), le « sud-africain » 501Y.V2 (SA – lignage B.1.351) et le « brésilien » 501Y.V3 (BR – P1 et P2) – ont un ensemble de mutations au niveau de la protéine S (Spike), qui est la cible principale de la réponse immunitaire. Leur point commun ? Ils ont tous une mutation en position 501 (N501Y) qui entraîne une augmentation de leur transmissibilité. En revanche, seuls les variants sud-africain et brésiliens ont en plus la mutation E484K, qui est particulièrement inquiétante car associée à un échappement immunitaire (v. ci-dessous).
Il est intéressant d’observer que leur émergence est survenue de façon quasi-simultanée dans différentes régions de la planète, suggérant qu’il s’agit de la réponse évolutive du SARS-CoV-2 à une pression sélective. En effet, le variant brésilien est apparu dans la ville de Manaus, où plus de 66 % de la population aurait été infectée. Le variant anglais se serait développé chez un patient immunodéprimé infecté de façon chronique pendant plusieurs semaines, l’infection prolongée ayant entraîné l’accumulation de mutations à un rythme élevé. Nous ne savons pas encore pour quelle raison le virus évolue ainsi : a-t-il un nombre restreint de « possibilités évolutives » (ce qui amènerait à une stabilisation rapide du virus, comme pour les autres beta-coronavirus humains) ou continuera-t-il à se modifier en permanence, comme le virus de la grippe ?
D’autres mutations apparaissent toutes les semaines dans le monde et sont attentivement surveillées, notamment le variant « californien » aux États-Unis (qui représente environ 45 % des nouveaux cas en Californie), ainsi que de nombreuses autres lignées portant la mutation E484K, par exemple B.1.526 à New York, B.1.525 en Écosse…
Ce scénario est encore plus complexe depuis que les autorités britanniques ont rapporté des cas où le variant anglais avait acquis la mutation E484K (présente dans les variants sud-africain et brésilien, suspectée d’être responsable d’une échappement à la réponse immunitaire induite après une infection ou un vaccin).
Où en est-on de leur diffusion en France ?
Le variant anglais est en train de remplacer progressivement la lignée « historique » en Europe, en Amérique, en Chine... En France, on estime qu’il deviendra dominant en mars 2021 (il représente actuellement entre 30 et 60 % des nouveaux cas, selon les régions).
Quant au variant sud-africain, au-delà de l’Afrique du Sud, il est présent aussi en Amérique du Nord et en Europe. En France, il représenterait à ce jour, avec la lignée brésilienne, 4 à 5 % des nouveaux cas, avec de fortes variations régionales (Mayotte est particulièrement touchée).
Quel est l’impact de ces mutations sur la transmission et la virulence du SARS-CoV-2 ?
Le variant anglais serait 30 à 60 % plus transmissible. Ce chiffre est difficile à estimer, en raison de l’application des mesures barrières et/ou du confinement dans les différents pays dans lesquels il circule. Cette augmentation serait liée à une durée plus longue de l’infection aiguë avec ce variant. En janvier 2021, le gouvernement britannique a annoncé qu’il pourrait être également responsable d’une mortalité accrue, mais cette donnée n’a été confirmée dans aucun des autres pays fortement touchés, comme le Danemark.
Le variant sud-africain serait également plus facilement transmissible, représentant désormais plus de 90 % des infections en Afrique du Sud. Il n’y a aucune preuve qu’il soit plus mortel.
Quel est l’effet de la circulation de ces variants sur le contrôle de la pandémie ?
S’il a été évoqué que la circulation du variant anglais a été responsable de la vague épidémique observée au Royaume-Uni en décembre dernier, dans d’autres pays, comme la France, la Suisse ou les États-Unis, sa progression ne s’est pas directement traduite par une explosion du nombre de cas, au moins pour le moment, peut-être en raison de la mise en place précoce de mesures de restriction. Nous en saurons plus mi-mars, lorsqu’il sera devenu, selon les modélisations, la lignée prédominante en France.
Quel est l’impact sur les réinfections et l’efficacité des vaccins ?
Contre le variant anglais, les 3 vaccins commercialisés aujourd’hui (et ceux en développement, de Johnson & Johnson et Novavax) semblent générer un taux de protection suffisant.
En revanche, les variants sud-africain et brésilien pourraient augmenter le risque de réinfection chez les personnes ayant déjà eu une infection Covid et réduire l’efficacité de certains vaccins.
Pour les vaccins à ARNm, Pfizer et Moderna, une étude a montré une diminution de l’activité neutralisante des anticorps vis-à-vis des virus ayant la mutation E484K (de l’ordre de 6 à 8 fois par rapport aux autres variants), mais il n’y pas encore de données cliniques disponibles. Cependant, le taux de protection étant très élevé avec ce type de vaccin (supérieur à 90 %), cette diminution ne devrait pas avoir de conséquences majeures.
En revanche, pour le vaccin AstraZeneca, la résistance serait plus importante : le taux de protection rapporté en Afrique du Sud était seulement de 22 %, ce qui a amené le gouvernement sud-africain à suspendre son utilisation sur son territoire.
Enfin, les études de phase II/III de Novavax et Johnson & Johnson/Janssen, qui ont été en partie réalisées en Afrique du Sud et au Brésil alors que les variants y étaient déjà présents, voire majoritaires, montrent une perte d’efficacité significative mais relativement limitée : pour Novavax, l’efficacité était de 60 % en Afrique du Sud (contre 89,3 % au Royaume-Uni) ; pour Johnson & Johnson/Janssen : 57 % (versus 72 % aux États-Unis).
Par ailleurs, les données des essais de phase II de Novavax suggèrent qu’un antécédent d’infection par le SARS-CoV-2 ne protège pas d’une réinfection symptomatique par ce variant.
Même si ces données ne sont pas rassurantes, aucune évidence à ce jour indique une perte d’efficacité de ces vaccins dans la prévention des formes sévères. De plus, les anticorps contre la protéine Spike ne sont pas l’unique forme d’immunité engendrée par la vaccination : l’immunité cellulaire pourrait continuer à être active. Enfin, les laboratoires (Novavax, Pfizer, Moderna) ont annoncé être déjà en cours de production de vaccins modifiés à partir de protéines S des nouveaux variants. Enfin, concernant le problème de la réinfection, la vaccination systématique des personnes ayant déjà eu la Covid-19 (préconisée par la HAS), qui « booste » la réponse immunitaire et le taux d’anticorps neutralisants, pourrait permettre de réduire leur incidence et leur gravité.
Cinzia Nobile, La Revue du Praticien
Voir aussi
Société de pathologie infectieuse de langue française. Covid-19 – Documents et sources.
Avis du Conseil scientifique Covid-19. Variant « sud-africain » 501Y.V2 et départements de l’Est de la France. 12 février 2021.
Korsia-Meffre S. Covid-19 : mutations, variants, lignées, N501Y, E484k… de quoi parle-t-on ? Vidal.fr, 18 février 2021.
Zimmer K. A Guide to Emerging SARS-CoV-2 Variants. The Scientist, 26 janvier 2021.
