BA.4 et BA.5 sous surveillance

Dans son analyse du 13 mai, le Centre européen pour le contrôle et la prévention des maladies (ECDC) s’inquiète de la progression de la circulation des sous-lignages BA.4 et BA.5 d’omicron, et les classe désormais comme variants préoccupants (VOC, « variant of concern »), alors qu’ils étaient auparavant variants à suivre (VUI, « variant under investigation »). 

Comme nous l’avons déjà rapporté, ces variants contiennent, par rapport à BA.2, les mutations L452R, F486V et R493Q dans le domaine de liaison au récepteur de surface de la protéine Spike, responsables d’un changement significatif des propriétés antigéniques par rapport aux souches circulantes d’omicron. Résultat : ils seraient capables d’échapper à la protection immunitaire induite par une infection et/ou une vaccination antérieure. Les données disponibles sont toutefois limitées et reposent uniquement sur des données in vitro : les sérums de sujets non vaccinés précédemment infectés par BA.1 ne sont pas capables de neutraliser les variants BA.4 et BA.5. Les sérums de personnes vaccinées ont obtenu de meilleurs résultats, mais – nous le savons – la protection conférée par les vaccins à ARN contre les infections symptomatiques diminue avec le temps.

Bonne nouvelle : aucun signal indique un changement de gravité par rapport aux lignées précédentes d’omicron.

Aujourd’hui, les sous-lignages d’omicron BA.4 et BA.5 circulent majoritairement en Afrique du Sud, où ils ont été détectés dès janvier 2022. Au Portugal, la souche BA.5 est devenue dominante et responsable d’une augmentation de nombre des cas (non graves). Cependant, dans ces deux pays, la vague précédente portée par BA.2 a assez peu circulé. Or BA.4 et BA.5 étant génétiquement plus proches de BA.2 que de BA.1, l’infection par BA.2 pourrait conférer une meilleure protection contre ces nouvelles souches. Ainsi, leur impact en France, qui a connu une circulation soutenue de BA.2, pourrait donc être bien différent de ce qui est observé actuellement en Afrique du Sud et au Portugal.

Le sous-lignage BA.2 du variant omicron représentait 80% des séquences interprétables de l’enquête Flash S21 (23/05). Ces données montraient une augmentation de la détection des sous-lignages BA.4 et BA.5, qui représentaient respectivement 1,1 % et 18,0 % des séquences interprétables. La présence de la mutation en position L452 aux tests de criblage (27% en S22) était à nouveau en hausse cette semaine, en lien avec l’augmentation de certains sous-lignages d’omicron, dont BA.4 et BA.5.

Les recommandations de l’ECDC sont claires : mettre en place une surveillance par tests représentatifs pour estimer de manière fiable la contribution de ces variants à la circulation virale en cours, à l’augmentation des admissions à l’hôpital ou aux soins intensifs. En cas de signaux d’augmentation de la circulation du SARS-CoV-2 ou du risque de maladie grave chez les personnes vaccinées, un deuxième rappel de vaccin peut être envisagé pour certains ou tous les adultes de 60 ans et plus ainsi que pour d’autres groupes vulnérables.