Cette étude a été conduite aux États-Unis entre avril 2022 et avril 2023 (période où prédominait déjà le variant omicron). Pour déterminer l’évolution de la charge virale en fonction des jours écoulés depuis le début des symptômes, 348 patients symptomatiques ayant un test PCR positif (66 % de femmes ; âge médian : 33 ans) ont eu des prélèvements nasopharyngés qui ont été examinés à la fois par PCR et par test antigénique. Avec la PCR, la valeur de cycle seuil (Ct : cycle threshold), c’est-à-dire le nombre de cycles nécessaires pour que la PCR détecte le virus, a été utilisée pour estimer la quantité de virus présente dans l’échantillon (un petit nombre de cycles indiquant une charge virale plus élevée). Pour les tests antigéniques, c’est la concentration en antigène viral qui était scrutée.
La quasi-totalité des participants (92 %) avaient un antécédent soit d’infection par le SARS-CoV- 2, soit de vaccination, soit des deux (mais une infection Covid documentée dans les 14 jours précédant le début de l’étude était un critère d’exclusion).
Résultats : dans cette population déjà immunisée, la charge virale médiane détectée augmentait après le jour de début des symptômes pour atteindre un pic entre le 4e et 5e jour. Cette observation contraste avec la dynamique virale observée au début de la pandémie, où les études montraient que la charge virale atteignait son pic simultanément à l’apparition des premiers symptômes et diminuait ensuite progressivement (donnée qui avant justifié la fin de l’isolement à J5).
À titre de comparaison, chez 74 participants infectés par le virus de l’influenza A également étudiés, le pic de charge virale se situait au 2e jour après le début des symptômes.
De plus, cette étude suggère aussi que la valeur prédictive négative des tests antigéniques est plus faible dans ce contexte. En effet, la sensibilité de ces tests, telle qu’évaluée dans l’étude (comparée à la PCR), variait entre 30 à 60 % le 1er jour des symptômes, 59 - 75 % le 3e jour et 80 - 93 % le 4e jour, alors que dans la littérature du début de la pandémie elle était supérieure à 90 - 95 % aussi les premiers jours de l’infection.
Ces données, qui convergent avec celles recueillies dans de précédentes études concernant la période omicron, suggèrent un risque de faux négatifs si le test est réalisé trop tôt – avant le début des symptômes voire les premiers jours suivant leur apparition –, particulièrement avec l’utilisation de tests antigéniques.
Selon les auteurs, ces informations devraient faire évoluer la conduite à tenir en matière de stratégies de dépistage mais aussi des précautions à prendre : ils recommandent notamment de répéter les tests jusqu’à J5 chez les personnes symptomatiques avant d’écarter un épisode de Covid (pour rappel, en France, l’Assurance maladie recommande actuellement de réaliser un test « immédiatement en cas de symptômes ») et prolonger le port du masque pendant plusieurs jours après le début des symptômes.