Évaluation de l’intérêt du prélèvement salivaire pour dépister l’infection par le SARS-CoV-2

La Haute Autorité de santé (HAS) a rassemblé¹ les données de plusieurs études sur les tests de détection du SARS-CoV-2 par RTqPCR, dans lesquelles un prélèvement nasopharyngé et un prélèvement salivaire ont été réalisés de façon à peu près synchrone chez les mêmes personnes. L’objectif était de rechercher le virus SARS-CoV-2 dans ces deux prélèvements, et de comparer les résultats pour étudier les performances du test sur la salive.
L’étude d’un nouveau test diagnostique repose sur des principes simples, que l’on peut résumer à partir d’un tableau 2 × 2 – obtenu en croisant les 2 informations : malade (oui/non) et test positif (oui/non) – qui présente le nombre des vrais positifs, faux positifs, faux négatifs, et vrais négatifs (v. tableau) ; de ces 4 chiffres, on peut déduire un grand nombre d’indicateurs (concordance, sensibilité, spécificité, valeur prédictive positive…).
Mais cette évaluation suppose que l’on connaisse le vrai diagnostic. Dans la comparaison des résultats des tests RTqPCR sur les deux types de prélèvement, nasopharyngé et salivaire, on ne connaît pas le vrai diagnostic. Dans les articles étudiés par la HAS et dans des articles plus récents que nous avons rassemblés, les auteurs ont généralement pris comme diagnostic de référence la conjugaison des deux tests en considérant comme positives les personnes chez qui la PCR était positive sur l’un ou l’autre des deux prélèvements ou les deux, avec le même seuil pour le nombre de cycles (CT).
Dans son analyse,¹ la HAS a considéré le résultat du test sur le prélèvement nasopharyngé comme diagnostic de référence. Cela conduit alors à considérer que les tests positifs sur la salive et négatifs sur le prélèvement nasopharyngé sont des faux positifs. Cette interprétation contredit l’affirmation selon laquelle il existe 30 % de faux négatifs avec le prélèvement nasopharyngé. Une fois qu’on a qualifié les discordances dans le sens « salive positive, prélèvement nasopharyngé négatif » de faux positifs, la valeur prédictive positive de la salive ne peut qu’être mauvaise.
On trouve aussi dans le rapport l’affirmation suivante : « La sensibilité des tests salivaires pourrait être dans le pire des cas de l’ordre de 50 %, soit équivalente à celle d’un test à pile ou face. » La sensibilité, c’est la probabilité de détecter l’infection chez les personnes infectées. Si l’on en trouve une sur deux, c’est déjà ça. Et on ne tire pas une personne infectée sur deux à pile ou face parce qu’on ne sait pas qui est infecté… c’est justement la question.