Définitions
Médecine génomique : implique l’utilisation de l’information génomique des individus comme part entière de leur prise en charge clinique (diagnostic et choix thérapeutique).
Médecine personnalisée/médecine de précision : cherche à améliorer la stratification et la prise en charge des patients en utilisant des informations biologiques et des biomarqueurs.
Médecine prédictive : vise à connaître à l’avance les maladies risquant de se déclarer chez une personne avant l’apparition des premiers symptômes (présymptomatique).
Médecine préventive : vise à dépister pour prévenir ; chez des personnes apparemment en bonne santé, elle recherche d’éventuels facteurs de risque d’apparition d’une maladie.
Médecine personnalisée/médecine de précision : cherche à améliorer la stratification et la prise en charge des patients en utilisant des informations biologiques et des biomarqueurs.
Médecine prédictive : vise à connaître à l’avance les maladies risquant de se déclarer chez une personne avant l’apparition des premiers symptômes (présymptomatique).
Médecine préventive : vise à dépister pour prévenir ; chez des personnes apparemment en bonne santé, elle recherche d’éventuels facteurs de risque d’apparition d’une maladie.
Enjeux et défis
Le plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG 2025) a été lancé, en 2016, pour permettre à chaque personne en France d’accéder dans le cadre du soin aux technologies de séquençage haut débit dans le domaine des maladies rares et des cancers, puis des maladies communes.
Enjeu médical : dans les maladies rares, lutter contre l’impasse diagnostique, préciser le pronostic et adapter la prise en charge du patient et de sa famille (conseil génétique, diagnostic prénatal et/ou préimplantatoire) ; dans les cancers, adapter les traitements aux variations génétiques tumorales et au patrimoine génétique des individus.
Enjeu technologique : dans le domaine des Big Data, en termes d’équipements et d’outils bio-informatiques.
Enjeu organisationnel : déploiement de nombreuses bases de données ; développement de nouvelles expertises (en particulier en bio-informatique), de savoir-faire, pratiques, et métiers, avec un véritable enjeu de formation.
Enjeu économique : mise en place d’une filière industrielle mais surtout d’une médecine de précision plus efficiente, avec des diagnostics plus rapides et plus précis, permettant de choisir les thérapies les plus efficaces et les moins toxiques.
Enjeux éthiques : gestion des données additionnelles, conservation des données génétiques dans de grandes bases de données, information des patients et de la population générale sur les tenants et les aboutissants de la médecine génomique.
Enjeu médical : dans les maladies rares, lutter contre l’impasse diagnostique, préciser le pronostic et adapter la prise en charge du patient et de sa famille (conseil génétique, diagnostic prénatal et/ou préimplantatoire) ; dans les cancers, adapter les traitements aux variations génétiques tumorales et au patrimoine génétique des individus.
Enjeu technologique : dans le domaine des Big Data, en termes d’équipements et d’outils bio-informatiques.
Enjeu organisationnel : déploiement de nombreuses bases de données ; développement de nouvelles expertises (en particulier en bio-informatique), de savoir-faire, pratiques, et métiers, avec un véritable enjeu de formation.
Enjeu économique : mise en place d’une filière industrielle mais surtout d’une médecine de précision plus efficiente, avec des diagnostics plus rapides et plus précis, permettant de choisir les thérapies les plus efficaces et les moins toxiques.
Enjeux éthiques : gestion des données additionnelles, conservation des données génétiques dans de grandes bases de données, information des patients et de la population générale sur les tenants et les aboutissants de la médecine génomique.
Les tests génétiques
Il faut distinguer les tests qui apportent des informations sur le patrimoine génétique transmissible (génétique constitutionnelle) de ceux qui informent sur l’état du génome de cellules tumorales (génétique somatique).
Lois de bioéthique de 2021 : examen des caractéristiques génétiques d’une personne entrepris seulement à des fins médicales ou de recherche scientifique (tests dits « récréatifs » interdits en France) ; après information sur la nature et la finalité du test, consentement écrit du patient ou de son(ou ses) représentant(s) recueilli par le prescripteur avant la réalisation de l’examen ; signature par le médecin prescripteur de l’attestation de conseil génétique. Pour les examens de génétique somatique, recueil d’un consentement spécifique actuellement non requis.
Depuis 2013, information à la parentèle obligatoire.
Principales indications :
– génétique constitutionnelle : diagnostic de maladies génétiques ; diagnostic prénatal, préimplantatoire, ou présymptomatique ; dépistage des apparentés (conseil génétique) ; recherche de prédisposition aux cancers ;
– génétique somatique : adaptation du traitement aux caractéristiques génétiques de la tumeur cancéreuse (visée théranostique).
Données additionnelles :
– variations génétiques pathogènes impliquées dans des maladies rares mendéliennes ou des cancers mais qui ne s’avèrent pas liées à la pathologie pour laquelle le WES/WGS a été prescrit ;
– variations génétiques interprétées par le biologiste dans un contexte clinique. Seul le prescripteur reçoit le compte-rendu de l’analyse génétique, qui peut être : concluant (diagnostic positif) ou non conclusif (diagnostic négatif ou non concluant). C’est le prescripteur qui informe son patient des résultats.
Avantages des tests génétiques fondés sur le séquençage haut débit : analyse de plusieurs gènes (panel de gènes), de l’exome (WES), voire de la totalité du génome (WGS) ; amélioration du rendement diagnostique ; possibilité de réanalyse régulière des données de séquençage pour le WES/WGS.
Inconvénients : risque d’identifier des données additionnelles et des variations de signification inconnue.
Limites : absence d’identification de certains types de variations génétiques.
Dans le cadre du PFMG 2025, le WES/WGS/RNAseq (séquençage de l'ARN) est réalisé pour des préindications déterminées par la Haute Autorité de santé.
Lois de bioéthique de 2021 : examen des caractéristiques génétiques d’une personne entrepris seulement à des fins médicales ou de recherche scientifique (tests dits « récréatifs » interdits en France) ; après information sur la nature et la finalité du test, consentement écrit du patient ou de son(ou ses) représentant(s) recueilli par le prescripteur avant la réalisation de l’examen ; signature par le médecin prescripteur de l’attestation de conseil génétique. Pour les examens de génétique somatique, recueil d’un consentement spécifique actuellement non requis.
Depuis 2013, information à la parentèle obligatoire.
Principales indications :
– génétique constitutionnelle : diagnostic de maladies génétiques ; diagnostic prénatal, préimplantatoire, ou présymptomatique ; dépistage des apparentés (conseil génétique) ; recherche de prédisposition aux cancers ;
– génétique somatique : adaptation du traitement aux caractéristiques génétiques de la tumeur cancéreuse (visée théranostique).
Données additionnelles :
– variations génétiques pathogènes impliquées dans des maladies rares mendéliennes ou des cancers mais qui ne s’avèrent pas liées à la pathologie pour laquelle le WES/WGS a été prescrit ;
– variations génétiques interprétées par le biologiste dans un contexte clinique. Seul le prescripteur reçoit le compte-rendu de l’analyse génétique, qui peut être : concluant (diagnostic positif) ou non conclusif (diagnostic négatif ou non concluant). C’est le prescripteur qui informe son patient des résultats.
Avantages des tests génétiques fondés sur le séquençage haut débit : analyse de plusieurs gènes (panel de gènes), de l’exome (WES), voire de la totalité du génome (WGS) ; amélioration du rendement diagnostique ; possibilité de réanalyse régulière des données de séquençage pour le WES/WGS.
Inconvénients : risque d’identifier des données additionnelles et des variations de signification inconnue.
Limites : absence d’identification de certains types de variations génétiques.
Dans le cadre du PFMG 2025, le WES/WGS/RNAseq (séquençage de l'ARN) est réalisé pour des préindications déterminées par la Haute Autorité de santé.
Quand penser à une maladie génétique ?
Présence d’antécédents familiaux du même spectre clinique pouvant faire évoquer une transmission mendélienne ou non mendélienne.
Principales situations cliniques : troubles du neurodéveloppement, épilepsie, malformation(s), anomalies de la croissance staturopondérale, troubles sensoriels, difficultés de procréation, maladies neurodégénératives de l’adulte jeune, pathologies cardiaques familiales, cancers familiaux et/ou précoces…
Principales situations cliniques : troubles du neurodéveloppement, épilepsie, malformation(s), anomalies de la croissance staturopondérale, troubles sensoriels, difficultés de procréation, maladies neurodégénératives de l’adulte jeune, pathologies cardiaques familiales, cancers familiaux et/ou précoces…
Quand prescrire un test génétique à visée théranostique ?
Les tests génétiques à visée théranostique sont indiqués dans de nombreux cancers, dont la prescription de thérapies ciblées est guidée par les caractéristiques génétiques de la tumeur.
