À la suite de la pandémie due au SARS-Cov-2, il reste beaucoup à apprendre du point de vue virologique, et de nombreuses recherches sont plus que jamais nécessaires pour répondre aux questions restées en suspens.Quelle est l’origine du site furine (qui rend les virus beaucoup plus transmissibles à l’homme) dans le SARS-CoV2 ? Est-il possible qu’il soit apparu progressivement chez des animaux ayant servi de réservoirs intermédiaires ? Pourquoi ceux-ci ne sont-ils toujours pas identifiés ?Avec les techniques de modélisation et d’estimation de l’évolution des virus, quel serait le temps minimum nécessaire pour voir évoluer le site furine ? L’analyse de l’évolution des souches virales au cours de la pandémie laisse peu de place à une formation naturelle, car le virus est très récent et reste assez homogène dans le temps. Ce point est très intrigant.1Quels sont les différents sites furine dans le groupe des bêtacoronavirus et dans ceux plus éloignés d’autres coronavirus (aucun site furine chez les quelque cent Sarbecovirus [néologisme reprenant les premières syllabes de SARS-like bêta-coronavirus] séquencés, excepté le SARS-CoV-2) ? Chez quels animaux peut-on les trouver ? Quels foyers de coronavirus ont été identifiés en Asie et à quels endroits ? Dans quelles espèces animales ?Les banques de coronavirus de chauves-souris des laboratoires de Wuhan (inaccessibles depuis septembre 2019) permettraient-elles de mieux connaître la diversité des virus connus en Chine ?Les techniques d’insertion ciblant une zone précise (notamment le site furine) ont déjà été utilisées de nombreuses fois depuis les épidémies précédentes de SARS et de MERS. Il y a de nombreuses données sur les manipulations de gain de fonction (GOF), y compris récemment sur le variant Omicron par les équipes de la Boston University.La bibliographie disponible sur le site furine ne peut être ignorée, et le premier article du « groupe de Paris » d’Étienne Decroly dès le début 2020 est important à ce titre, sans oublier les nombreuses autres publications sur le sujet.2

Séance du 18 avril 2023, « De l’origine du SARS-CoV-2 à la virologie/biologie dangereuse »

Références
1) Temmam S, Vongphayloth K, Baquero E, Munier S, Bonomi M, Regnault B, et al. Bat coronaviruses related to Sars-CoV-2 and infectious for human cells. Nature 2022;604(7905):330-6.
2) Coutard B, Valle C, de Lamballerie X, Canard B, Seidah NG, Decroly E. The spike glycoprotein of the new coronavirus 2019-nCoV contains a furin-like cleavage site absent in CoV of the same clade. Antiviral Res 2020;176:104742.