L’Institut de recherche biomédicale des armées (IRBA), largement impliqué dans la recherche sur le SARS-CoV-2, a cofondé le réseau sentinelle Obépine chargé de détecter, qualifier et quantifier le génome du virus dans les eaux usées en France. Durant cette pandémie, l’épidémiologie des eaux usées est un outil de surveillance épidémique au coût limité (75 000 € pour 200 stations par semaine couvrant environ 40 % de la population française) et un outil de santé publique de premier ordre pour évaluer la dynamique virale dans les populations et l’environnement. Les travaux de recherche menés par Obépine ont démontré la faible infectiosité des matières fécales et des eaux usées, et ont permis de détecter, en avance de phase, les vagues épidémiques liées aux nouveaux variants. L’IRBA a adapté cet outil performant au suivi des infections virales sur le porte-avions Charles-de-Gaulle à la suite d’une première épidémie à bord en 2020. Cet outil de surveillance a facilité la gestion du risque de contamination virale à bord, lors des escales et des entrées de personnels. La lutte contre la circulation virale repose sur un ensemble de mesures : vaccination du personnel, suivi des eaux noires par polymerase chain reaction (PCR) pour la détection d’une circulation virale, capacité de diagnostic par PCR des sujets symptomatiques ou contacts pour l’identification et le suivi des cas. Cet outil peut être réorienté vers la recherche d’autres agents pathogènes dans les eaux noires voire, à terme, assurer une surveillance sanitaire.
Mickaël Boni, Institut de recherche biomédicale des armées, Brétigny-sur-Orge. Groupement d’intérêt scientifique Obépine, France
24 mai 2022