Sous-variant BA.2 : ce que l’on sait

Le sous-variant d’omicron BA.2 représenterait aujourd’hui 66 % des échantillons séquencés au niveau mondial. En France, selon la dernière analyse du 23 mars 2022 de Santé Publique France, il serait responsable de 73 % des nouveaux cas.

Est-il plus contagieux ?

Ce sous-variant semble avoir un avantage de croissance par rapport à son prédécesseur, même si, la différence de transmissibilité entre les deux semble moindre que celle qui existait entre BA.1 et le variant delta.

Une étude danoise (preprint) menée entre décembre 2021 et janvier 2022 retrouvait un taux d’attaque secondaire plus important pour BA.2 par rapport à BA.1 (39 % contre 29 %). Mais il s’agissait d’une étude menée sur des contaminations au sein des foyers (plus de 8 000 foyers, dont 2 100 avaient un cas primaire infecté par BA.2). Au Royaume-Uni, d’après le dernier rapport de la UKHSA (25 février), le taux d’attaque secondaire de BA.2 est estimé à 14,3 % au sein des foyers, contre 11,4 % pour BA.1, et à 6,1 % hors foyers, contre 4,6 % (proportion de cas contact d’un cas index, hors foyer mais rapportés au système de contact tracing, ultérieurement testés positifs).

Une étude estime aussi que l’intervalle de génération (délai entre deux cas) de BA.2 est inférieur de 15 % à celui de BA. Ces différences de transmissibilité et de cinétique seraient donc à l’origine d’un taux de croissance plus élevé et expliqueraient le remplacement progressif de BA.1 par BA.2 au niveau mondial.

Qu’en est-il de sa virulence ?

Ce sous-variant peut-il causer une maladie plus sévère ? Si des analyses récentes de laboratoire suggèrent qu’une infection par BA.2 engendre une maladie plus grave que BA.1, il s’agissait d’une étude (preprint) réalisée chez des hamsters naïfs vis-à-vis du SARS-CoV-2…

Les données cliniques et épidémiologiques, quant à elles, ne sont pas en faveur de cette hypothèse. En particulier, des données de vraie vie provenant d’Afrique du Sud (disponibles en preprint), recueillies entre début décembre et début février – période au cours de laquelle la proportion d’infections par BA.2 est passée de 3 % à 80 % – suggèrent que la probabilité d’être hospitalisé pour Covid ne diffère pas selon que l’infection a été causée par l’un ou l’autre des deux sous-variants (odds ratio : 0,96). Parmi les sujets hospitalisés, la sévérité de la maladie était comparable entre les sujets BA.2 et BA.1, suggérant que le profil clinique de la maladie reste similaire. De même, les données disponibles pour le moment au Royaume-Uni ne montrent pas un risque d’hospitalisation accru avec BA.2.

Quid des réinfections ?

Si des réinfections (BA.2 chez des personnes infectées auparavant par BA.1) ont été rapportées, elles seraient rares. Une étude réalisée par le Statens Serum Institute (agence de santé publique de ce pays), disponible en preprint, a analysé les cas de réinfection – définis comme deux tests positifs séparés d’au moins 20 jours – survenus entre fin novembre 2021 et le 11 février 2022 (sachant que dès mi-janvier, BA.2 était responsable de la moitié des infections par omicron). Sur un total de plus de 1 700 réinfections possibles identifiées, 263 cas choisis au hasard ont été séquencés pour les deux infections : parmi eux, les réinfections BA.2 après une première infection par BA.1 représentaient 18 % des cas ; les réinfections BA.2 après delta, 53 % des cas. Dans les deux cas, les réinfections ont eu lieu majoritairement chez des sujets âgés de moins de 30 ans, non vaccinés. Ces réinfections n’ont par ailleurs conduit qu’à des formes peu symptomatiques de la maladie (aucune hospitalisation ni aucun décès n’ont été rapportés dans ce groupe). 

L’OMS a ainsi déclaré que les premières données suggèrent qu’une infection par BA.1 protègerait contre une infection par BA.2, au moins sur la courte période pour laquelle des données sont disponibles…

Quelle efficacité des vaccins et des traitements ?

D’après plusieurs études in vitro, les sérums de patients infectés ou vaccinés sont capables de neutraliser de façon similaire BA.1 et BA.2.

Selon la UKHSA, il n’y a pas de différence statistiquement significative entre l’efficacité du vaccin contre un Covid symptomatique causé par BA.2 ou par BA.1 (74 % pour le premier contre 69 % pour le second, 2 à 4 semaines après la dose de rappel, tous vaccins confondus ; respectivement 46 % et 49 % plus de 10 semaines après). Quant à l’efficacité vaccinale contre les hospitalisations, les premières données anglaises montrent des valeurs comparables pour les deux sous-variants (cf. ci-dessous).

En termes de traitement, une étude française a montré des différences d’efficacité de quatre anticorps monoclonaux (sur neuf testés) : cilgavimab (efficace contre BA.2 mais pas BA.1), imdevimab (meilleure efficacité contre BA.1 que BA.2), adintrevimab and sotrovimab (efficaces contre BA.1 mais pas BA.2). La combinaison Evusheld (cilgavimab + tixagevimab), utilisée en prophylaxie chez les immunodéprimés, restait efficace contre BA.1 et BA.2.

Laura Martin Agudelo et Cinzia Nobile, La Revue du Praticien

Pour en savoir plus :

Wadman M. WHO says Omicron subvariant is not more virulent.Science 23 février 2022.

Santé publique France. Coronavirus : circulation des variants du SARS-CoV-2. 17 février 2022.

WHO. Statement on Omicron sublineage BA.2. 22 février 2022.

Nobile C. Entretien avec le Pr Burno Lina. Omicron : pourquoi signe-t-il un tournant dans la pandémie ?Rev Prat (en ligne) 28 janvier 2022.

Plesner Lyngse F, Thure Kirkeby C, Denwood M, et al. Transmission of SARS-CoV-2 Omicron VOC subvariants BA.1 and BA.2: Evidence from Danish Households. medRxiv 30 janvier 2022.

Yu J, Collier AY, Rowe M, et al. Comparable Neutralization of the SARS-CoV-2 Omicron BA.1 and BA.2 Variants.medRxiv 7 février 2022.

Callaway E. Why does the Omicron sub-variant spread faster than the original ? Nature 16 février 2022.

Stegger M, Edslev SM, Sieber RN, et al. Occurrence and significance of Omicron BA.1 infection followed by BA.2 reinfection. medRxiv 22 février 2022.

Santé publique France. Analyse des données disponibles sur les réinfections possibles par le SARS-CoV-2 à partir de la base de données SIDEP. 18 février 2022.

Yamasoba D, Kimura I, Nasser H, et al. Virological characteristics of SARS-CoV-2 BA.2 variant. bioRxiv 15 février 2022.

Wolter N, Jassat W, Von Gottberg A, et al. Clinical severity of Omicron sub-lineage BA.2 compared to BA.1 in South Africa. medRxiv 19 février 2022.

UKHSA. COVID-19 vaccine surveillance report. 24 février 2022.

UKHSA. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. Technical briefing 37. 25 février 2022.

Iketani S, Liu L, Guo Y, et al. Antibody Evasion Properties of SARS-CoV-2 Omicron Sublineages.bioRxiv 9 février 2022.

Kreier F. Will a rising Omicron variant scramble antibody treatments? Nature News 23 février 2022.