Faut-il s’inquiéter ?
Les données actuelles sont encore insuffisantes pour déterminer si les mutations qu’il comporte entraînent une hausse de la transmissibilité et/ou de la fréquence des formes sévères.
Pour le moment, le principal problème que pose ce variant est la mise en défaut du diagnostic biologique sur les prélèvements nasopharyngés. En effet, sa détection s’est faite sur plusieurs cas ayant une discordance entre le tableau clinique – évocateur d’une Covid – et les résultats négatifs de la PCR.
À ce stade, donc, l’analyse de risque réalisée par Santé publique France et le Centre national de référence (CNR) des virus des infections respiratoires classe cette souche comme « variant under investigation » (variant à suivre).
Par conséquent, de nouvelles règles pour la définition des cas et des changements dans la conduite à tenir entrent en vigueur, pour les personnes résidant ou ayant séjourné, dans un délai compatible avec la période de contamination, dans la zone concernée par ce variant – une zone concentrique autour de Lannion, comprenant une partie des départements de Côtes-d’Armor et du Finistère : Lannion-Trégor Communauté, Morlaix Communauté, Guingamp-Paimpol Agglomération, Leff Armor Communauté, Saint-Brieuc Armor Agglomération.
Quelles sont les nouvelles définitions des cas ?
Pour les personnes concernées (résidant ou ayant séjourné, dans un délai compatible avec la période de contamination, dans la zone où circule le variant), Santé publique France a élaboré ces nouvelles définitions :
– un cas possible est toute personne ayant les signes cliniques évocateursde Covid-19 suivants : infection respiratoire aiguë avec fièvre ou sensation de fièvre de survenue brutale ; et chez les personnes âgées de 80 ans ou plus, en particulier : survenue brutale d’une altération de l’état général, chutes répétées, apparition ou aggravation de troubles cognitifs, syndrome confusionnel, diarrhée, décompensation d’une pathologie antérieure.
– un cas probable est toute personne :
. ayant des lésions visibles en tomodensitométrie thoracique évocatrices de Covid-19 ;
. ou ayant eu un contact à risque avec un autre cas possible, probable ou confirmé d’infection par ce variant (ou appartenant à un regroupement de cas) ;
. ou ayant une anosmie ou hyposmie sans rhinite associée et/ou une agueusie ou une dysgueusie d’apparition brutale.
– un cas confirmé est toute personne symptomatique ou non, avec un résultat biologique (séquençage) confirmant l’infection par le variant du clade 20C du SARS-CoV-2.
L’adaptation des définitions vise notamment à élargir les prélèvements au-delà de la sphère nasopharyngée, pour augmenter la sensibilité du diagnostic par RT-PCR. Il est recommandé, en particulier, de ne plus utiliser chez ces patients les tests antigéniques, et de privilégier la PCR.
Quelle conduite tenir face à une suspicion de cas de variant breton ?
Pour les cas possibles, prélèvements (cumulatifs, si possible) pour l’analyse par PCR :
– nasopharyngé entre J0 et J7 ;
– prélèvement profond (à privilégier), sur expectoration induite ou crachat après toux, entre J0 et J7.
Ces prélèvements font l’objet, selon les modalités habituelles, d’une analyse de détection virale et d’un pré-criblage. Ainsi, tout prélèvement dont le résultat est positif pour le SARS-CoV-2 avec un Ct ≤ 30 mais négatif pour les variants dits « d’intérêt » sont envoyés pour analyse au CNR à l’Institut Pasteur.
Pour les cas probables, en plus de deux prélèvements listés ci-dessus, réaliser :
– un prélèvement de selles ou écouvillon rectal en cas de signes digestifs, à J0 et J7 ;
– une sérologie : lors du prélèvement à J0, puis à J10 (pour rechercher une séroconversion IgM), et ensuite après J21.
Les prélèvements réalisés pour détection virale sont adressés par circuit court au CNR à l’Institut Pasteur pour diagnostic par RT-PCR et séquençage immédiat (en cas de nécessité diagnostique urgente in situ, un aliquote doit être immédiatement envoyé en parallèle au CNR, sans attendre le résultat du site). Un aliquote de l’ensemble des prélèvements de sérum doit être envoyé au CNR pour recherche d’anticorps neutralisants et autres analyses sérologiques spécifiques, indépendamment et sans attendre les résultats des analyses sur place.
En cas de résultat faiblement positif obtenu par RT-PCR, avec un Ct entre 37 et 39, habituellement considéré comme négatif, une infection par ce variant du clade 20C peut être évoquée. Il convient alors d’adresser un prélèvement profond au CNR pour augmenter les chances d’obtenir un résultat positif et de pouvoir caractériser le variant en cause.
Quand un cas est confirmé, suivre si possible l’excrétion virale par la réalisation de prélèvements profonds tous les 3 à 5 jours.
Quelle conduite à tenir pour l’isolement et les cas contacts ?
Un isolement strict de 10 jours à compter de la date de début des signes (pour les patients symptomatiques) ou de la date de prélèvement (pour les asymptomatiques) doit être observé par tous les cas répondant aux définitions ci-dessus – cas possibles, probables ou confirmés.
Pour les personnes contacts, les recommandations en termes de tests (immédiat et à J7) et la durée de quarantaine ne sont pas modifiées (la durée reste de 7 jours à compter de la dernière exposition à risque).
Le contact tracing est initié dès la détection d’un cas possible, selon les modalités habituelles. À cela s’ajoutent, pour les cas probables et confirmés, d’une part un « contact warning », c’est-à-dire l’information des contacts dits de « seconde génération » par les contacts de « première génération », et d’autre part une investigation en amont et en avaldes cas, à la recherche de situations à risque de transmission, pour détecter des personnes co-exposées (ce qu’on appelle le rétro-tracing par le niveau 3, par les Agences régionales de santé et Santé publique France).
Attention ! La déclaration des cas dans « Contact-Covid » doit s’adapter à ces situations, dans l’attente d’une évolution de l’outil. Ainsi :
– les cas possibles doivent être créés en utilisant le champ diagnostic « Probable (symptômes + scanner) » et en indiquant manuellement dans le champ « Nature de variant » l’information (strictement saisie à l’identique) : « Cas possible 20C » (ceci permettra de les identifier comme cas possibles, y compris dans les extractions utilisées par Santé publique France) ;
– les cas probables pourront être enregistrés en utilisant le même champ « Probable (symptômes + scanner) » et en indiquant dans le champ « Nature de variant » l’information « Cas probable 20C clinique » ou « Cas probable 20C épidémiologique » ;
– pour les cas confirmés : pour renseigner a posteriori la présence du variant, à l’issue du séquençage, modifier dans le champ diagnostic « Probable (symptômes + scanner) » par « Résultat RT-PCR confirmé positif » et indiquer, dans le champ « Nature de variant », « Variant 20C confirmé par séquençage ».
Pour en savoir plus
DGS. Conduite à tenir vis-à-vis d’un variant à investiguer (dérivé du clade 20C) détecté pour la première fois en Bretagne. 15 mars 2021.
L.M.A., La Revue du Praticien